开启墓土魔法商店需完成前置任务并抵达特定区域。首先必须集齐六色光芒魔法球，这些光球分散在游戏各大地图中：念之灵位于暮土沉船图或方舟远端，水之灵在霞谷溜冰场，风之灵需前往云野入口右侧隐藏浮岛，地之灵在云野右侧浮岛云层，心之灵位于禁阁双人门通道内，火之灵则在雨林水母图最高处。收集过程需穿越危险区域，例如墓土沉船图需利用掩体规避冥龙巡逻路线，雨林区域需注意能量损耗。六色光芒全部回收后，方舟场景将产生变化，为商店解锁奠定基础。
完成光芒收集后，需通过墓土地图进入失落方舟。从墓土初始区域向右飞行至水域边缘，可见停泊的木质小船，互动后触发动画传送。抵达方舟后，魔法商店位于破损船舱内部及甲板两层结构。船舱主店以悬浮光球为标识，提供基础功能类魔法兑换；甲板分店位于二层露天区域，供应特殊效果魔法。若未集齐光芒，商店入口将处于封闭状态。
商店分为三个功能区：卷轴屋提供任务指引及魔法说明，魔法屋陈列时效性道具如漂浮魔法、体型调整药剂，药剂屋则专售永久性特效药剂。兑换需消耗白蜡烛资源，其中体型重塑魔法因效果永久性，成为核心兑换项。每日可免费领取一次基础魔法，通常为体型药水。部分高阶魔法需完成隐藏事件解锁，例如留言魔法需通过归巢季特定剧情。
穿越墓土时建议保持5-6个光翼储备，遭遇冥龙红光锁定立即寻找石墙或管道躲避。沉船区域建议先登顶船长室补充能量，再沿侧面滑翔避开巡逻。兑换策略上，优先选择永久性效果道具，时效性魔法按实际需求兑换以避免蜡烛浪费。解锁后商店永久开放，但特殊魔法刷新存在周期规律。
