神将将魂是三国志幻想大陆中提升武将战力的核心系统之一，分为大乱初起、群雄割据、三分天下三大类型。大乱初起将魂适用于持久战阵容，其阵图技能以防御和反伤为主，能有效增强治疗型武将的生存能力；群雄割据将魂偏向坦克流派，提供护盾和抗性加成，适合肉盾型武将；三分天下将魂则专精于爆发输出，通过提升怒攻和攻击属性强化伤害能力。玩家需根据阵容流派选择对应的将魂类型，以最大化技能效果。
将魂系统需玩家等级达到50级后解锁，获取途径包括天下试炼、名将历练、三顾茅庐及将魂商店兑换。天下试炼要求玩家配置两套不重复的阵容挑战魏蜀吴群四大势力，通关后可获得紫色或橙色将魂；名将历练每日提供免费刷新机会，建议优先锁定金色神将将魂；将魂商店则允许玩家用将魂精华定向兑换所需将魂。限时活动如寻宝奇兵、激战虎牢也是后期将魂的重要来源。
点亮将魂后可提升其星级，最高可升至五星，额外增加属性加成。阵图技能需通过积累阵图值激活，例如达到30点可解锁第一个技能，60点解锁第二个技能。技能本身也可升星，最高四星，进一步强化效果。例如三分天下的侵略如火技能可提升队伍输出上限，而大乱初起的英魂护体则提供减伤和反伤效果。玩家需根据阵容需求优先点亮关键技能。例如以赵云、关羽为核心的爆发流队伍应优先选择三分天下将魂，搭配攻击加成的阵图技能；而华佗、蔡文姬等治疗武将更适合大乱初起将魂，增强团队续航能力。需注意将魂属性与武将特性的匹配度，避免资源浪费。
